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大批官员的落马，导致本就缺人的朝廷，出现了许多的空位。
尤其是是五品以下的朝官，可以说所剩无几，甚至于六科的官员加起来都只有五个了。
朱由校也正好借着这次机会，开始将皇明学院，以及北直隶学堂的学子贡生，安排进了朝廷。
随后便开始了着手制度的改革。
羽林军的后勤司和参谋司，正式成为了朝廷的衙门，不只是军队中的编制了。
并正式成立了军部，与六部一样独立出来，直接对皇帝负责。
规章制度以及军权的划分也非常细致。
兵部的兵权正式被剥夺，从此以后，兵部再也没有管辖军队的权力，包括武举以及练兵权。
基本上是恢复到了洪武年间的规划，兵部只有核实军功，以及对于军队增减规划的权力。
其它的则都被划分给了军部，军部的官员也不在是文官担任，而是由立有战功，老成稳重的武将来担任。
并且效彷了汉朝的重号将军制度，凡是在军部任职的，都会挂上新增的前后左右称号的将军印。
官职定为正二品，与六部的尚书相比，不管是职责还是地位，都是相当的。
同时也刚好是四个人，同等地位同等权力，防止像内阁一样，搞出个首辅次辅的先后顺序来，一家独大。
当然了，他们也是没有兵权的，他们就类似于内阁一般，专门协助辅左皇帝，处理军队以及国防等诸多事务。
相当于皇帝的军事秘书，只有参议权而没有决定权。
而参谋司和后勤司，也是划归给了军部管辖。
户部拨发的军费钱粮，直接与后勤司进行对接，不在经过兵部之手，一定程度上保证了贪污最小化。
更重要的是，文官与武将之间的关系，不在是上下级了，而是平等的。
不管是边军，还是名存实亡的五军都督府，直接隶属于军部节制管辖。
众所周知，自诩清高的文官士大夫们，向来是瞧不起武将的。
朱由校这样的安排，也是怕武将们领着兵马在外面拼命，后勤得不到保障。
军队被文官们利用职权或是一些名义，卡着脖子的事，历朝历代都是有的。
而武将的升迁以及调度，这是大事，则要军部和兵部两方拍板，才能有效，这是朱由校有意为之。
此项改革制度一出，再次在朝廷引起了轩然大波。
反应最为激烈的，自然是兵部了，就连王在晋都不澹定了。
不止是兵部的官员，就连其他各部的官员，也是纷纷找他探听消息。
满朝的官员，谁不知道他王在晋是皇帝最为信赖倚仗的大臣
毫无意外，多数的官员，都没有得到王在晋的好脸色，不是被赶了出来就是在外面喝西北风。
“大司马，您得陛下信重，当速速入宫觐见，劝谏陛下尽快收回圣旨才是。”
“是啊，按照陛下圣旨所说，军部如果真的设立了，那还有兵部什么事？”
“我等官员，岂不成了无用之人？”
兵部的官员们一个个急不可耐，只能来劝说王在晋，去阻止皇帝的行动。
可身为尚书的他，此时难道就没有危机感？
他现在的心情，是最为糟糕的，比任何人都要烦躁。
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这可是直接削了他手中的权力啊。
就如自己属下所说的那般，军部一旦真的成立，他这个兵部尚书就将形同摆设。
但他清楚皇帝是一个怎样的人，向来是说一不二，决定了的事别说阻止，就是折扣都打不下来。
幸好自己还是内阁大学士，还不至于沦落为一个无实权的摆设。
此时的王在晋，也只能以此在心中默默的安慰自己了。
可他这一整天下来，依然是魂不守舍，根本无心处理事务。
临近下值时，与他颇熟的魏忠贤，突然到来。
“大司马看起来有心事啊。”
魏忠贤刚一进来就注意到了王在晋的神情。
他虽是个粗人，没文化，可好歹五十多岁了，在这宫中也好几十年了。
这察言观色的眼力见，自然是异于常人的，一眼就看出他是为何犯愁。
得魏忠贤发问，王在晋不想表露太多，强颜欢笑的回道：
“朝廷事务繁重，兵事政事本官都要定夺处理，自然是有些忧愁的。”
“你我二人的关系也算不错，又都是为万岁爷办事，大司马就不要拿这种搪塞之语来湖弄咱家了。”
“万岁爷猜测你今日的心情必定不好，特意让咱家来通报你一声，万岁爷在乾清宫等着你呢。”
一听皇帝召见自己，本无精打采的王在晋，立刻就来了精神。
看来陛下还是信重倚仗于我，我王在晋依然是朝廷重臣。
“那就烦请厂公了。”
王在晋不同于其他文人士大夫，在太监和武将们面前，并没有像其他人一样有这么大的优越感。.c0m
对于他来说，权力和功绩才是最重要的，而且也有自己的傲气和底线。
否则历史上的他，也不会公然与身为帝师，地位崇高，且有东林党人支持的孙承宗对立了。
来到乾清宫后，朱由校也是很快召见了他，不过却没有过多废话，直接说道：
“军政分离的新制度，是必然要实现推行的，不容置疑。”
“朕向来就秉承着一个观点，专业的事情就要交给专业的人来干。”
“领兵打仗这种事，自然是出于行伍或是武将世家之人更为擅长。”
“文官们多是读圣贤书之人，一生都在追求功名，他们哪里懂得怎么排兵布阵，怎么行军打仗呢？”
“即使他们取得功名之后，踏入了官场仕途，也只是在需要的时候去翻阅一下兵书，而后就是照葫芦画瓢，纸上谈兵。”
“这就好比打造一柄战刀，你说是一个铁匠打的好，还是一个木匠打的好呢？”
道理虽然没错，可王在晋的内心还是难以接受这个事实。
可他又不敢和皇帝唱反调，说我反对我抗议之类的话。
因此想着退而求其次，想换一种角度委婉的进行提醒劝谏，于是说道：
“陛下所言确有道理，臣也是赞同的，可臣有一句话，不知当讲不当讲。”
王在晋想说什么，朱由校已经猜了个八九不离十了。
无非就是老生常谈的那些个事，朱由校不想听，简直浪费时间，因此果断的阻止了他。