舜代行人皇职责后，又过了二十多年，尧身死，但是尧死之后，尸首不翼而飞，只能建衣冠冢以代。百姓知道尧去世的消息，举国同悲，如丧父母。舜下令为了纪年尧的功绩，三年之内，四方不得宴饮，不能观赏歌舞。
舜于三年的丧事完毕之后，便让位给尧的儿子丹朱，自己退避到南河之南。但是诸侯朝觐，民众讴歌，乡里断案的时候，都到舜这里，丹朱处几乎无人问津。所有的官员都称这是天意，重华再也推辞不过，只好任人皇之位，即为帝舜。
舜执政以后，他重新修订历法，又举行祭祀众圣人、祭祀天地四时，祭祀山川群神的大典；还把诸侯的信圭收集起来，再择定吉日，召见各地诸侯君长，举行隆重的典礼，重新颁发信圭。他即位的当年，就到各地巡守，祭祀名山，召见诸侯，考察民情；还规定以后五年巡守一次，考察诸侯的改绩，明定赏罚，可见舜注意与地方的联系，加强了对地方的统治。
原来已经举用的鲧、皋陶、契、弃、伯夷、夔、龙、垂、益等人，职责都不明确，于是此时舜命鲧担任司空，治理水土；命弃担任后稷，掌管农业；命契担任司徒，推行教化；命皋陶担任“士”，执掌刑法，公平裁决，让所有民众能受到公平的待遇；命垂担任“共工”，掌管百工，所有工匠都能致力而为；命益担任“虞”，掌管山林；命伯夷担任“秩宗”，主持礼仪，上下咸让；命夔为乐官，掌管音乐和教育；命龙但任“纳言”，负责命令，收集意见。还规定三年考察一次政绩，由考察三次的结果决定提升或罢免。通过这样的整顿，庶绩咸熙，各项工作都出现了新面貌。自此，四海之内咸戴帝舜之功，天下明德皆自虞帝始，呈现出前所未有的清平局面。
舜还让人在器物上画出五种刑罚的形状，起警戒作用；用流放的办法代替肉刑，以示宽大。但又设鞭刑、扑刑、赎刑，特别是对不肯悔改的罪犯要严加惩治，坏人受到惩处，天下人心悦诚服
不过在颛顼之后，诸圣看到阐教的接连失利，没有教派再来辅助人皇，一切的事务都又归于人皇管辖。
在舜继位之后，鲲鹏将门下弟子再次召集在一起，让他们说说对人族的感受。
精卫经过这么多年的修炼也有了天仙的修为，明白了许多的事情，她问道：“老师，自人皇颛顼身死之后，为何没有教派前去辅助这人皇？”
鲲鹏说道：“阐教在人皇之事上连续失败了两次，不但没有得到好处，反而失了自身的脸面，而三皇之后的这几位人皇并不太重要，所以圣人都不想因小失大在人族中丢了面皮，于是也就没有人前去辅助人皇。”
精卫说道：“功德再小也可积少成多，他们这样做为免有些太小心了，功德可不是那么容易得到的。”